Der September entwickelte sich zunehmend feucht und die Temperaturen begannen zu fallen. Die Behandlung der Bienen gegen Parasiten findet in diesem Monat ihren Höhepunkt. Eine gängige Methode in der Bioimkerei ist die kontrollierte Verdunstung von Ameisensäure direkt in den Bienenvölkern. Dabei wird Ameisensäure in einem speziellen Verdunstersystem in den Deckel des Bienenstocks eingesetzt. Die Verdunstung sorgt dafür, dass die Säure in die Brutwaben eindringt und die Varroamilben abtötet, während die Bienen weitgehend unbeschadet bleiben.

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Zusätzlich zur Varroabehandlung ist es im September wichtig, die Futtervorräte der Bienenvölker zu überprüfen. Da die Tage kürzer werden und das Nahrungsangebot in der Natur abnimmt, müssen die Bienen ausreichend mit Futter versorgt werden, um gut durch den Winter zu kommen. Ein starkes und gut versorgtes Volk hat bessere Chancen, die kalte Jahreszeit zu überstehen und im nächsten Frühjahr wieder kräftig zu starten.