Im September werden die Bienenvölker auf ausreichende Futtermenge überprüft, und auch die Varroamilbe wird weiterhin im Auge behalten. Alle Bienenvölker werden auf ihre Überwinterungsstärke geprüft. Zu kleine Bienenvölker werden vereinigt. Leider räubern die Bienen auch andere, schwächere Bienenvölker aus und nehmen deren Wintervorrat. Diese schwachen Bienenvölker können leider nur noch aufgelöst werden. Die Tage werden nun kälter, sodass sich der Imker auf andere Dinge konzentrieren kann, z. B. Honig abfüllen.

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Zusätzlich ist es im September wichtig, die Fluglöcher der Bienenstöcke zu verkleinern. Dies hilft, die Völker vor Räuberei zu schützen und die Wärme im Stock zu halten. Der Imker sollte auch darauf achten, dass die Bienen genügend Pollen eingelagert haben, da dieser für die Brut im Frühjahr essentiell ist.